Mereväe peamine eesmärk on Eesti territoriaalvete kaitse ja põhiülesanne miinitõrje. Mereväe laevastik koosneb miinilaevadest ja miinitõrjeoperatsioonide toetuseks kasutatavatest toetuslaevadest. Miinitõrjevõimekuse arendamiseks soetatakse lisaks olemasolevatele Saksa päritolu miinilaevadele aastatel 2007-2009 Suurbritanniast kolm modernset Sandown-klassi miinijahtijat: Admiral Cowan, Sakala ja Ugandi. Mereväe laevade kodusadamaks on Tallinnas asuv Miinisadam. 2007.a avati Miinisadama renoveeritud kaid, mis rahuldavad hetkel kõigi Eesti mereväe laevade kaikohtade vajaduse. Samuti on Miinisadam võimeline vastu võtma NATO ja teiste liitlasriikide sõjalaevu ning tagama vajalikud sadamateenused.

Merevägi ja miinitõrje

Eesti Merevägi on koostöös Euroopa riikidega viinud läbi mitmeid miinitõrjeoperatsioone ja -õppuseid. Nende eesmärgiks on Eesti territoriaalvete puhastamine peamiselt kahe viimase maailmasõja ajal veesatud meremiinidest ja muudest veealustest lõhkekehadest.

Kuigi Merevägi taasloodi alles 1994.a ning on üks väiksemaid maailmas, on mereväe laevade meeskonnad näidanud end rahvusvahelistel operatsioonidel koostöövõimeliste ja võrdsete partneritena. Viimase üle kümne aasta jooksul on Eesti vetest leitud ja kahjutuks tehtud ligi 500 meremiini ning muud lõhkekeha. See on aidanud muuta Eesti faarvaatrid (laevateed) ja sissesõidud nii olemasolevatesse kui ka loodavatesse sadamatesse tunduvalt turvalisemaks.

Teenistus mereväes

Mereväe ülem allub Kaitseväe juhatajale, Mereväe ülema tööorganiks on Mereväe Staap. Mereväe ülemale alluvad omakorda väeosad Miinilaevade Divisjon ja Mereväebaas, mis mõlemad asuvad Tallinnas, Miinisadamas. Mereväe struktuur on rahu-, kriisi- ja sõjaajal suures osas muutumatu ning koosneb peamiselt kaadrikaitseväelastest.

Merevägi vajab pidevalt oma ridadesse uusi relvastus-, mehaanika-, side-, elektri jm. erialade spetsialiste. Samuti on võimalik õppida mereväetuukriks.

Rahvusvaheline koostöö

1998.a loodud Balti miinitõrjeeskaader (BALTRON) täidab kolme Balti riigi valitsuse ülesannet kasvatada Balti riikide koostöövõimet nii merekaitse kui turvalisuse tagamise alal Läänemerel. Pidevate rahvusvaheliste ühisõppustega aitab see üksus laevade meeskondi ette valmistada osalemaks NATO miinitõrjeüksuste tegevuses.

Eesti Mereväe peamiseks koostööpartneriks NATO-s on kiirreageerimisjõudude NATO Response Force (NRF) hulka kuuluv miinitõrjeeskaader Standing NATO Response Force Mine Countermeasures Group 1 (SNMCMG1) , mille tegevuses osalemine on olnud taasloodud Eesti Mereväe üheks suurimaks väljakutseks.

2005.a maist kuni 2006.a märtsini oli Eesti Mereväe staabi- ja toetuslaev Admiral Pitka SNMCMG1 lipulaev. Eesti oli esimene Balti riik, kes andis oma laeva NATO kiirreageerimisjõudude koosseisu. Samuti oli Admiral Pitka esimene Eesti kaitseväe üksus, mis osales NRF-i tegevuses. 2006. aasta sügisel kuulus eskaadrisse ka esimene Balti riikide miinitõrjelaev – Eesti miinijahtija Sulev.

Mõlema eskaadri tegevuses osaletakse Eesti lipu all ning laevadel teenivad eesti mereväelased. Nii BALTRON-i kui SNMCMG1 koosseisu arvatakse üksused kindlaks perioodiks nii, et neis osalevad laevad vahelduvad regulaarselt. BALTRON-i ülema ning staabiohvitseride ametikohad roteeruvad Balti riikide mereväeohvitseride vahel. Eesti on BALTRON-i juhtriik, siin asub ka BALTRON-i kaldastaap.

Tsiviilkoostöö

Merevägi teeb aktiivselt koostööd kohalike omavalitsustega - laevadel on sõlmitud sõpruslepingud erinevate valdade ja linnadega. Mereväe laevade meeskonnad püüavad vähemalt korra aastas külastada oma sõpruslinnu ja võimaldada sealsetel elanikel oma riigi sõjalaevadega tutvuda.

Laevadel on sõpruslinnadega ka mitmeid teisi traditsioone. Staabi- ja toetuslaev Admiral Pitka näiteks korraldab regulaarselt korjandusi Rakvere Lille puuetega laste hooldekodu heaks.

Koostöös Meremuuseumiga on läbi viidud mereväeteemalisi näitusi. Koos avati ka Miiniladu - erinevate meremiinide püsiekspositsioon. Eesti sõjamuuseumi kindral Laidoneri muuseumiga tähistatakse Briti eskaadri Vabadussõja ajal Tallinna reidile saabumise aastapäeva.